PIC16F88にPICFLASH2でICP書き込みを行うと、以後2度と書き込みができなくなる現象があります。回避方法は以下のリンクにありますが、
http://www.microchip.com/forums/tm.aspx?m=242087
16F88はMCLRピンはRA5としてIOピンとしても使用できますがIOピンとして使用すると2度と書き込みができなくなる現象がでます。PIC16F88を認識できなくなり正常に書き込みができなくなります。
対策としては、
1:MCLRを有効にする。
または、
2:RB6,RB7を入力として使う
になります。
これは、ハードウエアを設計する際には大きな制約になるわけで、サポートフォーラムではなくデータシートにこのことが記載されてないと不親切だとおもいます。

日本語のHPでは以下に同様の現象の説明がありました。
http://www.picgames.org/modules/tinyd1/index.php?id=17
http://nanacraft.cocolog-nifty.com/blog/pic/index.html

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